Luận án của NCS. Trương Thúy Trinh được xây dựng dựa trên cách tiếp cận liên ngành, kết hợp giữa Tôn giáo học với các lĩnh vực khác như Sử học, Chính trị học và Văn bản học. Nhờ đó, công trình mang tính toàn diện trong việc khảo cứu, phân tích và đánh giá chính sách của chính quyền chúa Nguyễn đối với Phật giáo ở Đàng Trong từ năm 1558 đến 1777.

Bằng việc hệ thống hóa và khai thác nguồn tư liệu phong phú, luận án đã phác họa một bức tranh tổng quan về chính sách tôn giáo dưới thời chúa Nguyễn. Chính quyền chúa Nguyễn, trong bối cảnh mở mang cương thổ và hình thành bộ máy cai trị tại vùng đất mới Đàng Trong, đã áp dụng một chính sách đối với Phật giáo tương đối toàn diện. Những chính sách này không chỉ giúp Phật giáo Đàng Trong phục hưng và phát triển, mà còn góp phần tạo dựng sự ổn định xã hội trong môi trường đa dân tộc, đa tôn giáo. Nhờ đó, các cộng đồng lưu dân người Việt có điều kiện thích nghi, yên tâm sinh sống và định cư lâu dài.

Điểm nổi bật trong luận án là việc vận dụng lý thuyết về Tính chính đáng để làm rõ mối quan hệ giữa chính sách tôn giáo và quá trình thiết lập quyền lực của chính quyền chúa Nguyễn. Luận án chỉ ra rằng, chính sách đối với Phật giáo không chỉ đơn thuần là biện pháp quản lý tôn giáo, mà còn là một phần trong chiến lược trị quốc – an dân, nhằm xây dựng tính chính danh và củng cố quyền lực cho chế độ mới tại Đàng Trong.

Từ nghiên cứu này, luận án góp phần cung cấp cơ sở lý luận về mối quan hệ giữa chính trị và tôn giáo trong tiến trình phát triển của nhà nước; đồng thời, đưa ra những gợi mở về việc khai thác nguồn lực tôn giáo như một yếu tố hỗ trợ quan trọng trong hoạch định và thực thi chính sách công, qua đó đáp ứng nhu cầu tôn giáo của người dân, duy trì trật tự xã hội và nâng cao uy tín của nhà nước trong bối cảnh hiện nay.

Luận án của NCS. Trương Thúy Trinh được Hội đồng đánh giá cao về tính khoa học, độ tin cậy của nguồn tư liệu cũng như tính ứng dụng của các phát hiện nghiên cứu. Kết quả bảo vệ với 7/7 phiếu thông qua và sự nhất trí cao của Hội đồng trong việc đề nghị Học viện Khoa học xã hội công nhận học vị Tiến sĩ cho NCS. Trương Thúy Trinh là sự ghi nhận xứng đáng cho quá trình học tập, nghiên cứu nghiêm túc và công phu của nghiên cứu sinh dưới sự hướng dẫn tận tâm của các nhà khoa học đầu ngành. Thành công của luận án không chỉ góp phần làm sáng tỏ một giai đoạn lịch sử quan trọng trong quan hệ giữa nhà nước và tôn giáo ở Việt Nam, mà còn mở ra nhiều hướng tiếp cận mới trong nghiên cứu chính sách tôn giáo và lý luận chính trị - tôn giáo trong bối cảnh hiện đại.